Karijeru je započeo u svom Zrinjskom gdje je prošao cijelu omladinsku školu, u u dresu matičnog kluba debitirao je u sezoni 2004./2005. kada su Plemići osvojili prvi naslov prvaka.
Nakon toga put ga je odveo iz Zrinjskog gdje se vratio u zimskom prijelaznom roku 2011. godine. Pero Stojkić je dao veliki doprinos u osvajanju još četiri titule, te je tako postao jedini igrač koji je u najdražem dresu osvojio pet titula prvaka, a imao je čast da kao kapetan podigne četiri puta pokal namijenjen prvaku BiH.
Osim toga Pero je rekorder po broja nastupa za HŠK Zrinjski, te nositelj navijačkoga pokala Filip Šunjić Pipa 2013. godine.
Nadamo se da tu pokalima nije kraj, te da će naš Pero i ove sezone podići novi pokal. Jednom Plemić uvijek Plemić Pero Stojkić.
HERCEGOVINA.in